Nmnyの特徴

提供: nmny Docs
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  • 描画にはWebGL と HTML5 canvas を用いており、さまざまなプラットフォームで高速に動作します。
  • WebGL を用いたハードウェアアクセラレーションによる、 高速な描画を活かし、gmv よりも優れたインタラクション性を提供します。
  • ファイルはAJAXによって取得しますが、 (いまのところ) すべての処理をクライアント側で行いますので、 複雑なサーバ側のセットアップは必要ありませんし、 ローカルな環境で動かすことも容易です。

実装されている機能

  • Murasaki のアンカーファイルの読み込みとインタラクティブな表示
  • Murasaki の tf-idf スコアによるフィルタリング
  • アノテーションファイル (GFF3) の読み込み
    • アンカーによってつながっている遺伝子の表示
    • アノテーション情報のキーワード検索
    • アンカーによる種間の遺伝子クロスリファレンス一覧

実装する予定の機能

  • アレイなどのスコアファイルの取り扱い

対応しているファイル

nmny では以下のファイルを取り扱うことができます。

  • Murasaki の anchors ファイル
  • Murasaki の stats.tdidf ファイル
  • EMBOSS infoseq の出力 (Multi FASTA なファイルを扱う場合に便利)
  • GFF3 ファイル (アノテーション)
    • BioPerl に含まれる bp_genbank2gff3.pl などを用いて GenBank フォーマットのアノテーションを GFF3 に変換することができます。

また、以下はいまのところ対応していませんが、 近いうちになんとかする予定です。

  • スコアのついた GFF ファイル (アレイデータなど)
  • Murasaki + tmurasakix で出力したファイル

動作環境

WebGL が動作する web ブラウザと、対応するビデオカードが必要です。

  • Mozilla Firefox 4 以降
  • Google Chrome 8 以降
  • Safari 6 以降
  • Opera 12 以降 (動きますがなんだか表示される色がおかしいです...)

対応するハードウェアと web ブラウザでも、WebGL を動作させるには設定が必要な場合があります。この場合、nmny は "WebGL is not supported." というメッセージを表示します。