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nmny Documents

nmny とは

nmny (んむにー) は、 gmv の後継版で、Web ブラウザ上で動作します。

特徴

• 描画にはWebGL と HTML5 canvas を用いており、さまざまなプラットフォームで高速に動作します。
• WebGL を用いたハードウェアアクセラレーションによる、 高速な描画を活かし、gmv よりも優れたインタラクション性を提供します。
• ファイルはAJAXによって取得しますが、 (いまのところ) すべての処理をクライアント側で行いますので、 複雑なサーバ側のセットアップは必要ありませんし、 ローカルな環境で動かすことも容易です。

実装されている機能

• Murasaki のアンカーファイルの読み込みとインタラクティブな表示
• Murasaki の tf-idf スコアによるフィルタリング
• アノテーションファイル (GFF3) の読み込み
  • アンカーによってつながっている遺伝子の表示
  • アノテーション情報のキーワード検索
  • アンカーによる種間の遺伝子クロスリファレンス一覧

実装する予定の機能

• アレイなどのスコアファイルの取り扱い

対応しているファイル

nmny では以下のファイルを取り扱うことができます。

• Murasaki の anchors ファイル
• Murasaki の stats.tdidf ファイル
• EMBOSS infoseq の出力 (Multi FASTA なファイルを扱う場合に便利)
• GFF3 ファイル (アノテーション)
  • BioPerl に含まれる bp_genbank2gff3.pl などを用いて GenBank フォーマットのアノテーションを GFF3 に変換することができます。

また、以下はいまのところ対応していませんが、 近いうちになんとかする予定です。

• スコアのついた GFF ファイル (アレイデータなど)
• Murasaki + tmurasakix で出力したファイル

動作環境

WebGL が動作する web ブラウザと、対応するビデオカードが必要です。

• Mozilla Firefox 4 以降
• Google Chrome 8 以降
• Safari 6 以降
• Opera 12 以降 (動きますがなんだか表示される色がおかしいです...)

対応するハードウェアと web ブラウザでも、WebGL を動作させるには設定が必要な場合があります。この場合、nmny は "WebGL is not supported." というメッセージを表示します。

各ブラウザで WebGL を有効化するための設定はWebGLの有効化手順をお読みください。