「メインページ」の版間の差分

提供：nmny Docs
ナビゲーションに移動 検索に移動
← 古い編集
編集の要約なし
細編集の要約なし
 
(同じ利用者による、間の28版が非表示)
1行目: 1行目:
= nmny Documents =
__NOTOC__


== nmny とは ==
== nmny とは ==


nmny (んむにー) は、 gmv の後継版で、Web ブラウザ上で動作します。
nmny (んむにー) は、[http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html GMV] の後継版で、Web ブラウザ上で動作する比較ゲノムブラウザです。主に[http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/ Murasaki]による比較ゲノム解析の結果を可視化することを目的に作られており、アライメント結果とアノテーション情報を重ねて表示したりすることができます。GMV は[http://www.gtk.org/ GTK+]をベースにしたデスクトップアプリケーションですが、nmny では web サービスでの使用を考えて、ブラウザ上で HTML5 + WebGL による描画を行います (詳しい能書きは[[nmnyの特徴]]をご覧ください。)


=== 特徴 ===
nmny の動作には WebGL に対応したブラウザが必要です。各ブラウザで WebGL を有効化するための設定は[[WebGLの有効化手順]]をお読みください。


* 描画にはWebGL と HTML5 canvas を用いており、さまざまなプラットフォームで高速に動作します。
nmny の最新版は http://mux.eee.u-ryukyu.ac.jp/nmny/trial で公開されています。
* WebGL を用いたハードウェアアクセラレーションによる、 高速な描画を活かし、gmv よりも優れたインタラクション性を提供します。
* ファイルはAJAXによって取得しますが、 (いまのところ) すべての処理をクライアント側で行いますので、 複雑なサーバ側のセットアップは必要ありませんし、 ローカルな環境で動かすことも容易です。


=== 実装されている機能 ===
== nmny Documents ==


* Murasaki のアンカーファイルの読み込みとインタラクティブな表示
* Getting Started
* Murasaki の tf-idf スコアによるフィルタリング
** [[nmnyの特徴]]
* アノテーションファイル (GFF3) の読み込み
** [[nmny: step by step]]
** アンカーによってつながっている遺伝子の表示
*** [[WebGLの有効化手順]]
** アノテーション情報のキーワード検索
* 操作ガイド
** アンカーによる種間の遺伝子クロスリファレンス一覧
** [[キーボードショートカット]]


=== 実装する予定の機能 ===
== nmny の重要なアップデート ==


* アレイなどのスコアファイルの取り扱い
* Jul.14, 2014
 
** キーボードショートカット
== 対応しているファイル ==
** アノテーショントラックに表示する GFF の属性を選択可能に (従来は ID 属性のみ)
 
* Jun.20, 2014
nmny では以下のファイルを取り扱うことができます。
** 6種類以上の配列を含むデータを取り扱い可能に
 
* May.07, 2014
* Murasaki の anchors ファイル
** データソースのフォルダの取り扱いを改善 (データ公開のための改良)
* Murasaki の stats.tdidf ファイル
** tmurasakix のデータ取り扱いのためのいろいろ
* EMBOSS infoseq の出力 (Multi FASTA なファイルを扱う場合に便利)
* GFF3 ファイル (アノテーション)
** BioPerl に含まれる bp_genbank2gff3.pl などを用いて GenBank フォーマットのアノテーションを GFF3 に変換することができます。
 
また、以下はいまのところ対応していませんが、 近いうちになんとかする予定です。
 
* スコアのついた GFF ファイル (アレイデータなど)
* Murasaki + tmurasakix で出力したファイル
 
== 動作環境 ==
 
WebGL が動作する web ブラウザと、対応するビデオカードが必要です。
 
* Mozilla Firefox 4 以降
* Google Chrome 8 以降
* Safari 6 以降
* Opera 12 以降 (動きますがなんだか表示される色がおかしいです...)
対応するハードウェアと web ブラウザでも、WebGL を動作させるには設定が必要な場合があります。この場合、nmny は "WebGL is not supported." というメッセージを表示します。
 
各ブラウザで WebGL を有効化するための設定は[[WebGLの有効化手順]]をお読みください。

2014年7月14日 (月) 08:43時点における最新版


nmny とは

nmny (んむにー) は、GMV の後継版で、Web ブラウザ上で動作する比較ゲノムブラウザです。主にMurasakiによる比較ゲノム解析の結果を可視化することを目的に作られており、アライメント結果とアノテーション情報を重ねて表示したりすることができます。GMV はGTK+をベースにしたデスクトップアプリケーションですが、nmny では web サービスでの使用を考えて、ブラウザ上で HTML5 + WebGL による描画を行います (詳しい能書きはnmnyの特徴をご覧ください。)

nmny の動作には WebGL に対応したブラウザが必要です。各ブラウザで WebGL を有効化するための設定はWebGLの有効化手順をお読みください。

nmny の最新版は http://mux.eee.u-ryukyu.ac.jp/nmny/trial で公開されています。

nmny Documents

nmny の重要なアップデート

  • Jul.14, 2014
    • キーボードショートカット
    • アノテーショントラックに表示する GFF の属性を選択可能に (従来は ID 属性のみ)
  • Jun.20, 2014
    • 6種類以上の配列を含むデータを取り扱い可能に
  • May.07, 2014
    • データソースのフォルダの取り扱いを改善 (データ公開のための改良)
    • tmurasakix のデータ取り扱いのためのいろいろ
「http://mux.eee.u-ryukyu.ac.jp/nmny/wiki/index.php?title=メインページ&oldid=81」から取得