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== nmny とは ==
== nmny とは ==


nmny (んむにー) は、 gmv の後継版で、Web ブラウザ上で動作します。
nmny (んむにー) は、[http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html GMV] の後継版で、Web ブラウザ上で動作する比較ゲノムブラウザです。主に[http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/ Murasaki]による比較ゲノム解析の結果を可視化することを目的に作られており、アライメント結果とアノテーション情報を重ねて表示したりすることができます。GMV は[http://www.gtk.org/ GTK+]をベースにしたデスクトップアプリケーションですが、nmny では web サービスでの使用を考えて、ブラウザ上で HTML5 + WebGL による描画を行います (詳しい能書きは[[nmnyの特徴]]をご覧ください。)


=== 特徴 ===
nmny の動作には WebGL に対応したブラウザが必要です。各ブラウザで WebGL を有効化するための設定は[[WebGLの有効化手順]]をお読みください。


* 描画にはWebGL と HTML5 canvas を用いており、さまざまなプラットフォームで高速に動作します。
== nmny: step by step ==
* WebGL を用いたハードウェアアクセラレーションによる、 高速な描画を活かし、gmv よりも優れたインタラクション性を提供します。
* ファイルはAJAXによって取得しますが、 (いまのところ) すべての処理をクライアント側で行いますので、 複雑なサーバ側のセットアップは必要ありませんし、 ローカルな環境で動かすことも容易です。


=== 実装されている機能 ===
nmny の最新版は http://mux.eee.u-ryukyu.ac.jp/nmny/trial で公開されています。[[WebGLの有効化手順]]を参照の上、ブラウザの設定を済ませてからアクセスしてください。


* Murasaki のアンカーファイルの読み込みとインタラクティブな表示
=== データセットを選ぶ ===
* Murasaki の tf-idf スコアによるフィルタリング
* アノテーションファイル (GFF3) の読み込み
** アンカーによってつながっている遺伝子の表示
** アノテーション情報のキーワード検索
** アンカーによる種間の遺伝子クロスリファレンス一覧


=== 実装する予定の機能 ===
初期画面は以下のようになります。


* アレイなどのスコアファイルの取り扱い
[[Image:startup1.png|center]]


== 対応しているファイル ==
"Load a dataset" からは、サーバ上にある Murasaki の出力を選択することができます。


nmny では以下のファイルを取り扱うことができます。
[[Image:startup2.png|center]]


* Murasaki の anchors ファイル
File API に対応しているブラウザの場合は、"Load local files" も表示されます。ここで、Murasakiが出力した ".anchors" ファイルと、".anchors.stats.tfidf" ファイル (後者はオプション) を選択して nmny に読み込むこともできます。
* Murasaki の stats.tdidf ファイル
* EMBOSS infoseq の出力 (Multi FASTA なファイルを扱う場合に便利)
* GFF3 ファイル (アノテーション)
** BioPerl に含まれる bp_genbank2gff3.pl などを用いて GenBank フォーマットのアノテーションを GFF3 に変換することができます。


また、以下はいまのところ対応していませんが、 近いうちになんとかする予定です。
=== 基本画面 ===


* スコアのついた GFF ファイル (アレイデータなど)
[[Image:screen-basic.png|center|400px]]
* Murasaki + tmurasakix で出力したファイル
 
== 動作環境 ==
 
WebGL が動作する web ブラウザと、対応するビデオカードが必要です。
 
* Mozilla Firefox 4 以降
* Google Chrome 8 以降
* Safari 6 以降
* Opera 12 以降 (動きますがなんだか表示される色がおかしいです...)
対応するハードウェアと web ブラウザでも、WebGL を動作させるには設定が必要な場合があります。この場合、nmny は "WebGL is not supported." というメッセージを表示します。
 
各ブラウザで WebGL を有効化するための設定は[[WebGLの有効化手順]]をお読みください。

2013年3月6日 (水) 05:58時点における版


nmny とは

nmny (んむにー) は、GMV の後継版で、Web ブラウザ上で動作する比較ゲノムブラウザです。主にMurasakiによる比較ゲノム解析の結果を可視化することを目的に作られており、アライメント結果とアノテーション情報を重ねて表示したりすることができます。GMV はGTK+をベースにしたデスクトップアプリケーションですが、nmny では web サービスでの使用を考えて、ブラウザ上で HTML5 + WebGL による描画を行います (詳しい能書きはnmnyの特徴をご覧ください。)

nmny の動作には WebGL に対応したブラウザが必要です。各ブラウザで WebGL を有効化するための設定はWebGLの有効化手順をお読みください。

nmny: step by step

nmny の最新版は http://mux.eee.u-ryukyu.ac.jp/nmny/trial で公開されています。WebGLの有効化手順を参照の上、ブラウザの設定を済ませてからアクセスしてください。

データセットを選ぶ

初期画面は以下のようになります。

"Load a dataset" からは、サーバ上にある Murasaki の出力を選択することができます。

File API に対応しているブラウザの場合は、"Load local files" も表示されます。ここで、Murasakiが出力した ".anchors" ファイルと、".anchors.stats.tfidf" ファイル (後者はオプション) を選択して nmny に読み込むこともできます。

基本画面

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